菌痢由志賀氏痢疾桿菌引起。在腸道菌的分類中，稱為志賀氏菌屬(shigella)。根據其特異的抗原結構、生化反應和抗原組成，1958年國際微生物學會將痢疾桿菌分為A、B、C、D 4群，39個血清型(含亞型)。A群1型又稱志賀氏痢疾菌；2型為史密斯氏痢疾桿菌3—10型為副志賀氏痢疾桿菌。B群稱福氏志賀氏痢疾桿菌(福氏痢疾桿菌)。C湃稱鮑氏志賀氏痢疾桿菌(鮑氏痢疾桿菌)。D群稱宋內氏志賀氏痢疾桿菌(宋內氏痢疾桿菌)。近年國外已將4群痢疾菌分成50余血清型；D群又依其產生大腸菌素的能力分16型。