慢性菌痢被認為是菌痢中最難治療者，實際上是對慢性腹瀉的診斷不清，因而治療沒有方向，效果當然不好。將其它腹瀉按慢性菌痢治療是無效的。同時，慢性菌痢又可分為幾種類型，不同型的治療重點也不一樣，所以弄清楚慢性菌痢的診斷標準與分型是十分重要的。慢性菌痢可分為3型：

　　(1)遷延型：急性菌痢，病程遷延2月以上，癥狀、大便鏡檢及大便培養均不正常者。

　　(2)急性發作型：半年內有菌痢病史，本次急性發作。能排除再感染的可能者。痢疾桿菌各型間無交叉免疫，病后免疫力較弱，所以比較容易再感染，故診斷慢性菌痢，需排除再感染。

　　(3)隱匿型：患急性菌痢后，癥狀消失，大便鏡檢正常，但大便培養仍陽性或乙狀結腸鏡檢查，腸粘膜可見潰瘍、出血。

　　臨床實際中，常見將腸功能紊亂患者誤診為慢性菌痢，長期濫用抗生素治療，既增加患者痛苦，又增加不必要的經濟負擔。