因為姑息手術并非糾治性質，而只是單純緩解了先天性心臟病的病理學，所以異常的循環將有漸進性的有害結果。最重要是，從胎兒到新生兒，再到成熟的生理學狀態的轉變，無法按照期通常的方式進行，這對全身所有的器官系統會產生影響。另一方面，早期一期根治創立了生理學上正常的血液循環，可以使個體獲得正常的成熟。主要表現在以下幾個方面： 步驟/方法對心臟的有利之處。出生后的第一年，存在心肺和血管和解剖與生理向成熟狀態的持續轉化。例如，胎兒血紅蛋白逐漸為成人血紅蛋白所取代。出生時與左心室厚度相同的右心室變得較左心室薄，而左心室的厚度和總質量則迅速增高，這是通過左心室心肌細胞的增殖(形成新的心肌細胞)和肥厚(肌細胞增大)共同達成的。心肌細胞失去分裂能力的確切年齡尚不清楚，但可能在出生后第一到第二周，但有報告說可以達到四歲。雖然這個確切的界限目前尚不能明確，但是有一個是肯定的，年齡越小，心肌細胞的增殖能力就越強。另一方面，隨著未成個體內新的心肌組織發育，其滋養血管，即冠狀動脈也要有相同程度的發育，年長的個體失去了冠狀血管橫截面積合理增長的能力，因此，如果存在對持續壓力或容量負荷引起的肥厚，則心肌灌注減少。 2對肺的有利之處。新生兒時期的一期根治將肺循環的壓力和流量降低至正常。這使得肺血管系統在出生第一年內得以正常轉化。新生兒時期較厚的中層平滑肌退化，肺阻力隨之降低。就在出生后第一個月內，血管壁厚度與外徑的比值達到6%這一成人水平。出生后第一年肺生長包含了新的肺泡的發育，伴隨著新的血管的發育。肺發育的這個肺泡期包含了在初始的終末小囊中，沿著彈力蛋白的沉積形成的繼發分隔。對于此期的持續時間有些爭論，有些人認為出生后24小時內完成肺泡化，但也有研究認為直到8歲肺泡數量尚未過到成人水平。 3對腦正常發育的影響。出生后第一年人類大腦在體積和復雜程度上有極大提升，而異常的心血管生理剛會給其帶來風險。人類新生兒腦重量是350克，而成人的腦重量是1400克。這種生長大部分發生在出生后的第一年，在3個月時，腦重量增加到500克，6個月末時達到660克，1歲時達到925克。雖然少有證據表明出生后神經元數量增加，但是神經膠質細胞的數量、神經元體積的大小和復雜程度、髓磷脂的數量和神經元的連接數量與復雜程度都有大幅增長。