許多疾病可以合并尿路結石，主要有：
（1）甲狀旁腺功能亢進 甲狀旁腺腺瘤、增生等疾病都可以使甲狀旁腺分泌增加，導致骨骼脫鈣，還可以增加腸道對鈣的吸收，進而使血鈣、尿鈣升高。這是含鈣結石形成的重要原因。
（2）外傷性截癱 由于截癱或外傷等原因長期臥床引起骨骼脫鈣，可以發生高鈣尿。另一方面，由于神經源性膀胱功能障礙也容易形成結石，尤其是在合并泌尿系感染時。
（3）尿路的梗阻性疾病 尿路任何部位的梗阻都可以導致結石的形成。較為常見的有前列腺增生癥、尿道狹窄、輸尿管狹窄、腎盂輸尿管交界處梗阻等。尿路手術后再次發生的狹窄也可成為結石發生或復發的原因。

（4）痛風 約10%的痛風病人會因血、尿中尿酸水平增高而合并尿酸結石。
（5）各種伴有骨骼脫鈣的疾病 如多發性骨髓瘤、溶骨性多發性骨癌等都可引起高鈣尿。
（6）皮質醇癥 由于皮質醇類固醇激素的分泌量增加，使骨鈣析出并使腎臟排鈣增加。
（7）腸源性高草酸尿 小腸大部切除后出現的“短腸結合癥”、慢性消化不良等疾病亦可造成草酸吸收過多，導致高草酸尿，形成草酸鈣結石。

（8）維生素D中毒 維生素D能提高腸道內鈣的吸收，故長期服用維生素D可發生高血鈣和高尿鈣，有利于尿石形成。此外，惡性腫瘤、白血病、牛皮癬等疾病可導致尿中尿酸排泄增加；維生素B6缺乏可引起高草酸尿；這些都可成為結石形成的條件。