40％～50％的非淋菌性尿道炎由沙眼衣原體引起。衣原體為介于細菌與病毒之間的細胞內寄生微生物，直徑250～500nm，用顯微免疫熒光測定法已測知衣原體至少有15種血清型，其中8型（D、E、F、G、H、1、J、K）已證實與尿道炎有關。衣原體不耐熱，在室溫中迅速喪失傳染性，50℃30分鐘即可將其殺死。30％的非淋菌性尿道炎由尿素分解支原體所引起，尿素分解支原體呈極微小的球桿狀，直徑僅為200nm，常寄生于人的尿道上皮，具有將尿素分解為氨的性能。能在細胞外獨立生活，對外界環境抵抗力弱。45℃15分鐘即可被殺死。10％～20%非淋菌性尿道炎可由其它病原體所引起。如滴蟲、白色念珠菌、皰疹病毒、大腸桿菌、鏈球菌、金葡菌、人乳頭瘤病毒、酵母菌、厭氧革蘭氏陰性桿菌等。