急性腎盂腎炎需與急性膀胱炎區別，前者除有膀胱刺激癥狀外，還有寒戰、高熱和腎區叩痛。結核性膀胱炎發展緩慢，呈慢性膀胱炎癥狀，對藥物治療的反應不佳，尿液中可找到抗酸桿菌，尿路造影顯示患側腎有結核病變。膀胱炎與間質性膀胱炎的區別，后者尿液清晰，極少膿細胞，無細菌，膀胱充盈時有劇痛，恥骨上膀胱區可觸及飽滿而有壓痛的膀胱。嗜酸性膀胱炎的臨床表現與一般膀胱炎相似，區別在于前者尿中有嗜酸粒細胞，并大量浸潤膀胱粘膜。膀胱炎與腺性膀胱炎的鑒別診斷，主要依靠膀胱鏡檢查和活體組織檢查。