慢性膀胱炎常伴有結石、畸形或其它梗阻因素，為非單純性膀胱炎。因此，慢性膀胱炎治療的首要問題是糾正尿路的復雜因素。尿路復雜因素糾正后可予以較長時間的抗菌療法，具體內容可參考慢性腎盂腎炎的治療。有人建議，患慢性膀胱炎時要配合局部治療，可采用抗菌膀胱灌洗術。常用的灌洗液是生理鹽水100mL內含1∶20000青霉素或1%呋喃西林或40萬單位慶大霉素，將灌洗液灌入膀胱內，留置30分鐘后放出，如此反復4～6次。灌洗后可灌注5%弱蛋白銀30mL及2%奴佛卡因2mL以保護膀胱粘膜。