囊腫繼發感染后，患者表現寒顫，發熱，腰痛，也可有尿頻、尿急或尿痛，血培養陽性，尿細菌培養亦可陽性。CT示囊腫CT值較無感染囊腫CT值增高，囊壁增厚，注射血管造影劑后囊壁顯影增強（強化）。囊腫位于腎上、下極或側緣者，在B超引導或CT引導下穿刺抽吸囊腫液送常規檢查及細菌培養，用生理鹽水沖洗囊腔。一般穿刺抽吸后體溫可以下降，隔2～3天再次穿刺沖洗，直至囊液清亮，體溫降至正常。同時應用有效抗生素，應考慮藥物的囊腫穿透性：青霉素類、氨基甙類和先鋒霉素類抗生素易進入來源于近端腎單位的囊腫，不易進入遠端腎單位的囊腫。而紅霉素、氯霉素、四環素、氯潔霉素、TMP均易進入近端和遠端腎單位的囊腫。如果囊腫反復穿刺沖劑配合有效抗生素靜脈用藥一般2～3周可控制感染。如囊腫不能穿刺抽吸則有效抗生素需8周或更長時間才能控制。