比較可靠的方法有X線造影、腎臟B型超聲檢查、放射性核素掃描及CT檢查。在腎囊腫時，泌尿系X線造影可能見到腎盂、腎盞受壓變形，但邊緣光滑，無破壞。腎囊腫不是腫瘤，但極易與腫瘤相混淆，因此腎囊腫與腎惡性腫瘤的鑒別十分重要。二者的鑒別方法可用腎實質性斷層造影或腎動脈造影。腎實質斷層攝影時，囊腫部位影像淺，腫瘤部位影像深；腎動脈造影時，囊腫部位血管稀疏，無造影劑濃聚，腎惡性腫瘤則因血管豐富，有造影劑濃聚。懷疑囊腫惡性變時，可進行囊腫穿刺，抽出囊液進行常規檢查及脫落細胞檢查；也可向囊腫內注入造影劑，檢查囊壁有無腫瘤。B型超聲和CT很容易將腎囊腫和腎實質性腫瘤區別開來，因此，十分理想的檢查方法。