按照尿石形成的原因，可以將結石分為原發性結石和繼發性結石兩大類。原發性結石一般找不到明確的原因。繼發性結石則可以找到其形成的原因，如；梗阻、感染、異物，等等。

　　按照尿石所在的部位，可以將結石分為上尿路結石和下尿路結石兩大類。上尿路結石包括腎結石和輸尿管結石；下尿路結石則包括膀胱結石和尿道結石。

　　按照尿石的成分，可以將結石分為含鈣結石（如：草酸鈣、磷酸鈣）、感染結石（主要成分為磷酸鎂銨和羥磷灰石）、尿酸結石（尿酸和尿酸銨）、胱氨酸結石等。

　　按結石的純度可以將結石分為單純結石和混合結石。前者只含有一種成分，但事實上真正的純結石是很少的；后者含有多種成分。
按照尿石的活動性可將結石分為代謝活動性和代謝非活動性結石兩大類。