本病主要應與淋菌性尿道炎相鑒別，后者潛伏期較短，平均3天～5天，尿痛比較嚴重，分泌物多為膿性，量多，淋球菌檢查陽性，而NGU的分泌物多為漿液性或粘液膿性，較稀薄，量少。查不出淋球菌。