淋球菌侵害的主要部位是男女的泌尿生殖系統，因為它對泌尿生殖道有特殊的親和力。淋球菌最喜歡的地方是患者的尿道，它在這里生活、繁殖、破壞。一般感染淋球菌后可使尿道粘膜發炎36小時后，粘膜不但可有嚴重的紅腫，而且可有膿液出現。